À l’approche de la mort, saint François n’a pas laissé de conseil ou d’exhortation, mais un poème qui est une prière et un chant. Après avoir reçu les stigmates en 1224, il se retire fatigué et malade à Saint-Damien, près d’Assise, marqué par les privations qu’il endure au nom d’une pauvreté absolue. Quelques mois plus tard, presque aveugle, il compose son fameux Cantique des créatures où il loue le Seigneur pour « messire frère Soleil », terminant par l’éloge de la mort qu’il nomme « notre sœur » :
« Loué sois-tu, mon Seigneur,
pour notre sœur la Mort corporelle,
à qui nul homme vivant ne peut échapper.
Malheur à ceux qui meurent en péché mortel,
heureux ceux qu’elle surprendra en ta très sainte volonté,
car la seconde mort ne pourra leur nuire. »
« Elle est pour moi la porte de la vie »
Le saint célèbre la mort corporelle comme la promesse de la grande rencontre avec Dieu. Dans ses écrits, il précise : « N’aie pas peur de me dire que la mort est proche, car elle est pour moi la porte de la vie. » Ayant une conscience aiguë de la notion de péché mortel, il ne redoute que la mort spirituelle favorisée par l’orgueil, l’égoïsme et la soif de pouvoir, celle qui éloigne l’âme de son Créateur, jusqu’à la perdition. Son Cantique des créatures se termine quand même sur le fait de concevoir la mort comme une bénédiction, et une joie pour ceux qui auront fait la volonté du Seigneur.
C’est donc en s’inscrivant pleinement dans la louange à Dieu que François rend l’âme dans la nuit du 3 au 4 octobre 1226 dans la chapelle de la Portioncule, à Assise. Le saint a fait de sa mort une liturgie intime. Il demande à être couché « nu sur la terre nue », pour revenir au Père comme il est venu au monde. Puis, entouré de ses Frères, il entonne, bien qu’affaibli, le psaume 141 : « À pleine voix, je crie vers le Seigneur ! […] tu es mon abri, ma part, sur la terre des vivants. […] Tire-moi de la prison où je suis, que je rende grâce à ton nom. »
Ensuite, un Frère s’approche de lui pour lui demander pardon. François lui pardonne et donne sa bénédiction à tous les Frères présents et à ceux qui viendront le saluer avant son trépas. Il demande qu’on lui chante son Cantique des créatures, puis qu’on proclame l’Évangile du lavement des pieds, enfin qu’on le couvre de cendres en signe de pénitence.
C’est ainsi que sa sœur la Mort vint le chercher à 44 ans. Sa fin de vie n’avait été que prière dans l’attente de l’éternité.