Dès septembre 1939, Mère Yvonne-Aimée comprend la nature unique du conflit qui commence : c’est la « grande épreuve » dont elle avait eu la prémonition. Rapatriée du Canada où elle effectuait une série de visites, son bateau est poursuivi par un sous-marin qui ne parvient pas à le couler. L’offensive des Allemands en mai 1940 est un choc. Les réfugiés affluent, suivis de soldats épuisés. Le 22 juin, l’ennemi atteint Malestroit et s’y installe. La région, située non loin du port de Lorient, est stratégique. Mère Yvonne-Aimée s’oppose, avec succès, à la réquisition de la clinique, en échange de quoi elle accepte d’y soigner leurs blessés et leurs malades.
Un phénomène inouï
Le 16 février 1943, elle est arrêtée par la Gestapo à Paris où elle avait fait l’acquisition d’un foyer baptisé L’Oasis. Se produit alors un phénomène inouï. Informé de la nouvelle, le Père Labutte revient en urgence à Paris. Dans un bureau de L’Oasis, où il cherche à obtenir des nouvelles de la prisonnière, il entend un bruit sourd, se retourne, et voit la religieuse, perdue, traumatisée, affligée de plaies sanglantes, comme si elle revenait d’une séance de torture. Un miracle ? Les conditions de cette très mystérieuse libération n’ont pas été éclaircies.
Mère Yvonne-Aimée peut retourner à Malestroit où la résistance prend une ampleur nouvelle. À partir de 1943, et surtout en 1944, la clinique devient un pôle par lequel transitent en secret blessés et malades, ou encore des aviateurs alliés abattus. On y cache aussi des fugitifs, comme le général Louis-Alexandre Audibert, un chef majeur de l’Armée secrète.
Dans la nuit du 5 au 6 juin 1944, les Alliés larguent à l’est de Malestroit, un stick de Français libres du 4th SAS. Les accrochages sont féroces. Les blessés du maquis affluent à la clinique. On les soigne en cachette, en les revêtant au besoin de l’habit religieux. Parallèlement, Mère Yvonne-Aimée veille à ce que les blessés allemands soient bien soignés. Le 5 août 1944, enfin, c’est la Libération. Les troupes ennemies évacuent Malestroit. Mère Yvonne-Aimée, sans avoir jamais porté la moindre arme, fut une des âmes de la lutte clandestine. À Vannes, le 22 juillet 1945, elle reçoit la Légion d’Honneur des mains du général de Gaulle.